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现代生物学数据分析原理与应用 版权信息
- ISBN：9787511644299
- 条形码：9787511644299 ; 978-7-5116-4429-9
- 装帧：平装-胶订
- 册数：暂无
- 重量：暂无
- 所属分类：>>
现代生物学数据分析原理与应用 本书特色
分子生物学发展到今天已有几十年的时间，从单个基因 real－time PCR检测到几万个基因同时检测的芯片技术；从单个片段 sanger法测序到百千万个 reads的高通量测序技术，分子生物学的检测通量正在从单点分析过渡到大规模全面检 测和分析。不仅仅在分子生物学领域，近十几年互联网和计算机技术的高速发展使得在生物学日常生产和科研活动中产生的数据量也呈现极大增长。然而目前现状是具备专业知识的广大生物学工作者虽然能够利用 Excel、SPSS等软件进行一般的数据分析，但对于较大规模的数据和专业格式文件等往往束手无策。本书共分十四章，从Linux系统基本操作、统计遗传学基础原理到高通量数据分析。目的是让非计算机专业的生物学工作人员能够较快地学会信息分析和数据处理的方法与技巧，并可以自己动手完成相关数据工作。
现代生物学数据分析原理与应用 内容简介
本书共分十章, 从Linux系统基本操作、统计遗传学基础原理到高通量数据分析。内容包括: R语言在生物信息学中的应用、二代测序数据深度挖掘与展示、转录组深度分析等。
现代生物学数据分析原理与应用 目录
**章 R语言在生物信息学中的应用 **节 基因组数据的图形展示与说明 一、散点图 二、直方图 三、盒形图 四、饼状图 五、柱状图 六、组合图 七、基因组大小与基因含量的散点图及线性回归例子 八、绘制包含多种图形类型的R生物图形 第二节 高分辨率论文图片制作 第三节 ggplot或ggplot2 第四节 GWAS理论 第五节 统计遗传学基因组数据格式举例 第六节 Missing heritability第二章 二代测序数据深度挖掘与展示 一、高通量测序绘图的特点 二、基础图形类型 三、散点图是典型的二维图 四、折线图 五、盒形图 六、PcA的几何解释 七、热图分析——展示+聚类 八、地图 九、生存分析图 十、点图 十一、散点图之火山图 十二、气泡图 十三、pathway富集展示图 十四、WGCNA分析 练习 一、绘制MAplot图 二、气泡图 三、折线图与频率直方图 四、共表达网络构建 五、WGCNA网络构建 六、如何进行差异基因分析第三章 转录组深度分析 **节 应用举例 一、时间序列的基因共表达网络构建 二、基因共表达分析 三、Cytoscape网络关系展示。以及表达分析 第二节 如何进行差异分析及挑选P值第四章 动物育种中的线性模型 一、主要内容 二、矩阵代数(matrix algebra)基础知识第五章 动物育种中的线性模型二线性模型基础第六章 遗传参数估计 一、传统的估计方法 二、基于线性混合模型估计遗传参数 练习第七章 *佳线性无偏预测(BLUP) 一、预测和估计 二、线性混合模型(Linear mixed model) 三、动物模型BLUP(Animal model BLUP) 练习第八章 其他模型下的BLUIP 一、重复力模型 二、母体效应 三、公畜模型(sire model) 四、公畜一母畜模型(sire—dam model) 五、外祖父模型(maternal grandsire model) 六、随机回归模型(random regression model，RRM) 七、多性状动物模型BLUP第九章 BLUP用于基因组育种值估计 一、基因组选择的基本过程 二、RR—BLUP(ridge regression BLUP) 三、GBLUP(genomic BLUP) 四、A矩阵vs G矩阵 五、ss—GBLUP(Single—step GBLUP) 六、Bayesian alphabets 七、GEBV的准确性 练习第十章 贝叶斯统计在动物育种中的应用 一、马尔科夫蒙特卡罗(MCMC) 二、贝叶斯推断在线性模型中的应用 三、R语言代码
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现代生物学数据分析原理与应用 作者简介
梅步俊(1978-)，男，汉族，出生于内蒙古自治区呼和浩特市，副教授；现任河套学院农学系动物科学教研室副主任(正科)；2006年9月~2009年7月就读于内蒙古农业大学动物科技学院，所学专业为动物遗传育种与繁殖，获农学博士学位；2009年10月~2012年8月于中国农业大学动物科技学院做博士后研究，从事畜禽统计基因组学研究；2015年6月~2016年7月在美国爱荷华州立大学动物科学系做访问学者；在国内外期刊发表论文20余篇，获得10项计算机软件著作权，出版著作一部。王贵，河套学院农学系教授，荣获内蒙古自治区农牧业丰收一等奖，中青年科技人オ突出贡献奖，通辽市科技进步奖二等奖，巴彦淖尔市自然科学奖，万名科学使者进社区科技部一等奖，《当代教育实践与教学研究》编辑部论文一等奖，《当代教育实践与教学研究》编辑部论文一等奖。
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